유도리있는 QA 분석?! 조언 부탁드립니다

안녕하세요. 중소기업에서 QA 업무를 담당하고 있는 직원입니다. 업무 중 발생한 문제에 대해 객관적으로 판단하고자 조언을 구하고자 합니다. 제가 소속된 팀은 제품의 품질 관리를 담당하고 있으며, 정해진 매뉴얼에 따라 일정 수량의 샘플을 검사한 후 결과를 보고서로 작성하는 업무를 수행합니다. 그런데 몇 년 전부터 팀 내 한 직원이 이 매뉴얼과 다르게 반복적으로 업무를 수행하는 것을 확인했습니다. 구체적으로는, 샘플 수량을 임의로 줄여 검사한 후에도 보고서에는 매뉴얼대로 진행한 것처럼 기재해 온 것입니다. 처음에는 단순 실수로 생각하고 지나쳤지만, 점차 이러한 방식이 관행처럼 반복되었고, 그 빈도도 늘어나면서 문제가 될 수 있겠다는 판단이 들었습니다. 이에 해당 직원에게 이유를 물었고, 그는 "일이 많아서 바빴고, 예전에도 이렇게 해왔는데 별문제가 없었다"고 답했습니다. 이후 저는 정식절차를 통해 보고하였고 부서장에게 해당 내용이 전달되었습니다. 하지만 조직의 신뢰도와 직결되는 민감한 사안이다보니 해당 직원에 대한 조치는 구두 경고에 그치고 덮였습니다. 그 과정에서 상급자는 저에게 오히려 "조직 분위기를 흐리는 사람"이라고 지적하며, "바쁘면 유도리 있게 샘플을 줄여 검사해도 전혀 문제될게 없다. 본인 같으면 더 줄여서 했을 것"이라는 말을 하셨습니다. 문제의 본질인 매뉴얼 위반과 허위 보고에 대한 언급보다는, 해당 사안을 공개적으로 제기한 저의 행동에 초점이 맞춰졌다는 인상을 받았습니다. 평소 원칙과 기준을 강조하던 상급자의 이러한 반응은 다소 의외였고, 해당 상황에서 제가 잘못된 판단을 한 것인지, 매뉴얼이나 품질 기준보다 상황에 따른 담당자의 유도리가 더 중요시되는 것이 맞는지, 정말 궁금합니다. 유사한 경험이나 의견 있으신 분들의 조언을 부탁드립니다