중소기업 연차 관련

업력 16년차 중소기업입니다. 기존 연차기준일이 입사일이다보니 개인마다 연차 생성일이 모두 달라 대표자 입장에서 다소 혼란이 되었는지 2021년부터 1월1일자로 조정하기로 하였습니다. 그런데 문제는 기준일을 1월1일로 맞추는 조정된 2021년 연차 부여일이 어느 직원은 하루 이틀이 더 들어가고 어느 직원은 하루가 빠지는 등 형평성에 문제가 생겨서 이의 제기가 발생했습니다. 대표자는 이에 연차 1~2일 유불리가 발생할수 있고 이해하고 넘어가라는 입장을 보이고 있는데, 이게 나중에 법적으로 문제될수 있을까요? 0~1년차 직원들 중에 불이익을 받은 직원이 강력하게 이의제기를 하고 있습니다. (현재 1년미만 입사자 월1개씩 총11개, 1년차 될때마다 15개씩 발생하는걸로 계산하고 있습니다)