지각을 자주하는데 반박하는 직원 어떻게 할까요?

근태가 안 좋은데 일은 잘하는 직원, 어떻게 해야 할까요? 4~5년 정도 된 중소기업입니다. 근무시간은 9시~18시이고 포괄임금제라 별도 야근수당은 없습니다. 고민인 직원은 개발자입니다. 문제는 지각이 꽤 잦다는 것입니다. 보통 일주일에 1~2번 정도이고 대부분 1~10분, 길면 20분 정도 늦습니다. 그런데 업무적인 부분만 보면 뭐라고 하기가 애매합니다. 본인이 맡은 일은 책임감을 가지고 끝까지 처리하고, 필요하다 싶으면 누가 시키지 않아도 자발적으로 야근합니다. 일이 급하면 새벽 늦게까지 하는 경우도 있습니다. 예를 들어 갑자기 다음 날 고객사 기술영업이나 PT, 데모 일정이 잡히면 밤새서라도 준비해서 가고 실제 고객 반응도 좋은 편입니다. 평소 내근할 때와 달리 희한하게 고객을 만나는 날에는 지각은 하지 않습니다. 오히려 일찍 출근하거나 약속 장소에 먼저 도착합니다. 고객사나 관계사에서는 이 직원의 평소 근태를 알지 못하니 업무적으로는 상당히 좋은 평가를 하고 있습니다. 맡고 있는 업무 범위도 넓은 편입니다. 기존 사업의 문제점이나 한계를 파악해 대표에게 새로운 솔루션 사업을 제안하기도 하고, 채택되면 직접 기획, 설계, 개발을 진행합니다. 회사가 잠재 고객을 찾아 미팅을 잡으면 기술영업에 직접 나가 고객 요구사항을 듣고 컨설팅하며, 이후 실제 도입과 구축까지 담당합니다. 한 개발자가 이렇게 많은 역할을 맡게 된 데에는 저희 회사의 구조도 영향을 미치고 있습니다. 하나의 제품을 여러 명이 함께 개발하는 팀 구조가 아니라 개발자 한 명이 제품 하나를 사실상 혼자 풀스택으로 책임지는 방식입니다. 같은 팀원들은 개발이 아닌 각자 서로 다른 업무를 맡고 있습니다. 그래서 저 역시 팀장으로서 세부적인 개발 방향을 지시하거나 함께 개발하기보다는 대표에게 진행 상황을 보고하기 위해 현재 상황을 확인하는 정도이고 다른 업무를 보고 있습니다. 그런 점에서는 이 직원 말대로 개발이나 기획 방향에서 위 아래 옆에서 실질적으로 도움을 받을 사람이 거의 없는 것도 사실입니다. 그런데 오늘 또 지각을 해서 근태에 대해 한마디 했더니 직원이 강하게 불만을 이야기했습니다. 본인 말은 이렇습니다. "개발이나 기획 방향에서 회사의 도움과 지원을 요청 했으나 도움 받은 적 없이 맡은 업무를 혼자 책임지고 처리해 왔고, 실제 업무 진행이나 고객사 평가에도 문제가 없는데 몇 분 지각하는 부분만 반복해서 지적받는 것은 기분이 나쁘다. 책임과 역할은 계속 늘어나는데 처우 개선은 없고, 개발자에게 매출과 순이익 근태를 성과 기준으로 요구하는 평가 방식에도 불만이 있다." 그리고 다른 직원들의 근태나 사내 규정 준수 문제도 이야기했습니다. - 외근 보고를 작성하지 않고 외근하는 직원 - 일별 업무보고 시스템을 제대로 작성하지 않는 직원 - 외근 후 회사에 복귀하지 않고 바로 퇴근하는 직원 - 출근시간은 지키지만 출근하자마자 커피를 사러 나가거나 자리를 비우는 직원 - 회사 복장규정을 지키지 않는 직원 - 정해진 점심시간에 식사하지 않고 따로 늦게 식사하러 가는 직원 실제로 직원이 지적한 부분들은 일부 사람만의 문제가 아니라 여러 직원에게 해당되는 부분이기도 합니다. 직원 입장에서는 이런 부분들은 직원들끼리 서로 크게 문제 삼지 않으면서 자신에게만 출근시간을 반복해서 이야기하는 것이 일관성이 없다는 주장입니다. 자신의 지각을 문제 삼는 다른 팀 직원들에게도 "본인들은 회사 규정을 전부 지키고 있느냐"는 반응이고요. 이 직원은 혼자 제품을 책임지고 있기 때문에 사람들과 관계가 틀어져도 맡은 업무 자체는 계속 진행합니다. 다만 이전에도 이 같은 문제로 다른 팀장들과 갈등이 있었고, 그 과정에서 여러 차례 팀 이동도 있었습니다. 그러나 제 입장은 조금 다릅니다. 업무를 자율적으로 하고 회사에서도 어느 정도 편의를 줄 수는 있지만, 출근시간은 가장 기본적인 회사 규칙이라고 생각합니다. 아무리 일을 잘하더라도 정해진 출근시간은 지켜야 한다는 생각이고, 근태가 향후 연봉이나 평가에도 영향을 줄 수 있기 때문에 본인에게 불이익이 생길까 걱정되어 이야기한 측면도 있습니다. 이런 직원은 어떻게 관리하는 게 맞을까요? 1. 업무 성과와 근태는 별개이므로 지각은 계속 지적하고 관리해야 한다. 2. 이 정도로 업무를 자율적으로 책임지는 직원이라면 어느 정도 출퇴근 유연성을 인정해야 한다. 3. 특정 직원의 지각보다 회사 전체의 근태와 업무 규정을 먼저 동일한 기준으로 관리해야 한다. 비슷한 직원이나 조직을 관리해보신 분들의 의견이 궁금합니다.