퇴사 시 야근 수당 청구 여부

연구직으로 5년 다닌 사람입니다. 회사가 어려워지면서 2년 전부터 야근 수당을 주지 않기 시작하면서 무료 노동 중에 있습니다. 해가 바뀌어도 수당제이지만 부서장의 승인이 없으면 수당을 못받는다는 말이 계약서 상 존재하고 있습니다. 회사에서는 수당을 못주니 야근하지 말아라 라는 공식적으로는 공지하였으나, 업무 및 임원의 무언의 압박에 의해 야근을 할 수 밖에 없는 구조입니다. 한달에 많게는 52시간도 넘기고, 주간으로는 12시간은 기본으로 넘기곤 했습니다. 그러나 중요한 것은 회사에서 야근을 시켰다라는 증거가 없습니다. 퇴근 시 찍었던 사진이나 메일 보낸 시간 같은 것 뿐입니다. 이런 경우에는 그냥 조용히 퇴사를 하는 것 밖에는 답이 없을까요? 아니면 적극적으로 신고를 하던지 혹은 회사와 단판을 짓던지 해서 그동안 받지 못한 야근 수당을 받아내는 것이 맞을까요?