포괄임금제 계약서에 대해 문의드립니다.

안녕하세요 :) 이번에 아는 사회초년생이 포괄임금제로 계약 후 일하고 있는데 계약서와 초과 근무 수당 관련해서 이상해서 문의드립니다. 계약금액 (예시) 기본금 : 2,500,000 - 월 209시간 (주휴수당 포함) 식비 200,000 고정연장수당 1,000,000 - 연장/휴일근로수당 : 통상임금 *52시간 *1.5배 이렇게 명시 되어 있습니다. 계약서는 문제가 없어보이는데 야근이 많은 직종이라 회사에서 52시간 초과 근로시 수당을 휴가로 지급하면서 문제가 발생합니다. 회사 : 고정연장수당에 의거 주 12시간 이상 야근하면 휴가를 지급해줄게~! 1. 계약서는 월단위로 명시하고 초과수당(휴가)는 주단위 12시간으로 계산해서 지급해도 문제가 없을까요? 2. 2시간 이하의 초과수당(휴가)은 시스템상 (0.25 이하) 연차로 부여할 수 없어 삭제한다고 하는데 이렇게 임의로 2시간 이하의 시간을 없애도 되는지? 3. 회계단위를 일~토, 월~일 이렇게 할 때 주 단위로 받을 수 있는 초과수당(휴가) 시간이 달라지는데 회계기준이 법으로 정해져 있을까요?