근로계약서에 찜찜한 부분들이 있는데, 이게 맞는건지요?

안녕하세요. 새로운 직장에 이직을 하게 되었는데요, 근로계약서를 받아보고 좀 당황스러운 부분들이 있어서 사회생활 선배님들께 질문 여쭙니다. 참고로 제가 이직할 회사는 탄탄한 중견기업이 모기업으로 있는 신생 자회사입니다. 총 직원이 5인 미만이에요. 여러 용역을 통해 필요한 인력을 수혈(?)하긴 하지만, 어쨌든 정식 직원은 4인이에요. ■ 임금 연봉에 대해서는 이미 구두로 협상을 끝내놓은 상태입니다. 5,000만원으로 잘 합의하였어요. 저는 애초 5,000만원 ÷ 12개월 = 415만원을 월급/기본급 으로 이해했었습니다. (물론 세금이랑 이것저것 떼면 그보다 낮아지긴 하겠죠.) 근데 계약서에는 연봉에 △기본급 △과외수당 △능률수당 이 모두 포함되있더라구요. 결론적으로 1. 아무리 야근을 해도 추가수당 없음 2.기본급이 300만원 내외 입니다. 기본급이 낮으면 여러모로 불리하다고 들었는데, 맞나요? 저는 415만원 + 기타 수당 = 1달치 월급 으로 기대했거든요. 이렇게 연봉에 모든 걸 다 포함시키는 게 일반적인건지 궁금합니다. ■ 연차휴가 계약서에는 “근로기준법 60조에서 정한 바에 따른다" 라고만 되어있고, 비고로 "상시근로자수 5인 이상 시점부터 적용" 이라고만 간략하게 되있더라구요. 인사팀에 문의해보니 결론적으로 1달 에 1개 발생하는 연차가 없다는 의미더라구요... 회사 인력이 적고, 처음 1년은 계약직이라 연차가 없는거라고 ㅠㅠ 저는 많이 당황스러운 내용인데요, 이게 그냥 통상 관례적으로 그런가 보다 하고 둥글게 넘겨야 하는게 좋을까요...? ㅠㅠ 사회생활 선배님들의 고견을 부탁드립니다!