재직회사 급여외 항목 정산 체불 관련 고민

안녕하세요. 현재 100명 정도 되는 IT 중소기업에 재직하고 있습니다. 제 회사 운영팀 임금관련 담당자가 문제인 것 같은데 제가 개발자라 회계 관련 지식이나 경험이 전무하여 관련 분야 전문가 분들께 조언을 구합니다. 우선 저희 회사는 출장이 잦은관계로 자차 이용 시 이용금액을 회사내규에 정한 방법과 절차대로 지급하고 있습니다. (사규에 매월 자차 이용금액은 다음달 급여에 반영하여 정산한다고 명시되어 있습니다.) 첫 번째 문제는 올해 9월/10월 자차 이용료 약 20만원이 9월 10월 임금에 반영되지 않았습니다. 담당자에게 문의해보니 너무 바빠서 신경을 못썼다고 하는데 이번이 처음이 아닙니다. 혹시 이런경우도 임금체불 신고가 가능한지요? 두 번째로 현재 급여에 비과세로 받는 항목은 연구수당 20만원, 식대 20만원, 육아수당 20만원 총 60만원을 비과세로 받고있는데요~ 자차 이용료도 비과세로 월 20만원까지 정산 받을수 있는것으로 아는데 급여 담당자가 이미 받는 비과세가 많아서 법적으로 비과세 지급이 안된다는데 이게 맞는 말인가요? 소득세법을 찾아보니 - 소득세법 2024년 기본통칙 제 12조 제3호의 규정을 적용함에 있어 종업원이 시내출장 등에 따른 여비를 별도로 지급받으면서 연액 또는 월액의 자기차량운전보조금을 지급받는 경우 시내출장 등에 따라 소요된 실제 여비는 실비변상적인 급여로 비과세하나, 자기차량운전보조금은 영 제 38조 제1항 제10호의 규정에 의한 근로소득에 포함한다. 라고 되어 있는데 자기차량운전보조금을 연액 또는 월액으로 받고 있지 않으니 연구/육아수당 및 식대를 비과세로 받고 있더라도 자차이용료는 비과세로 받아도 문제가 없는것 아닌가요? 세번째로, 만약 자차 이용료를 비과세로 받을 수 있다면 그동안 2년 넘게 과세 항목으로 정산처리된 건에 대해서는 회사에 어떤 보상을 요구할수 있을까요? 급여 처리 담당자가 귀찮다고 비과세 처리를 안한것 같기도 해서요... 현재 자차이용료 정산을 받지못한 근로자가 10명 정도 됩니다ㅠ 저도 최대한 신고하지 않고 내부에서 협의하여 빠르게 마무리가 되길 희망하는데, 경영진이 체불 사실을 여러번 인지하고도 개선할 의지가 없어 여기에 글을 남겨 의견을 여쭤봅니다. 읽어 주셔서 감사합니다!