중소기업 자회사 운영에 대해서

안녕하세요 아직 적응중인 반년차 신입사원입니다. 제가 궁금한 것이 생겼는데 제가 속한 회사는 30명정도 되는 인원의 중소기업입니다. 헌데 제가 입사를 함과 동시에 배정받는 곳이 그 회사의 자회사라고 사장님이 설명을 해주셨습니다. 소속은 B의 회사지만 일은 A에서 하면 된다고 말이죠.. 저는 일단 알겠다고 하고 근로 계약서를 작성하고 일을 하고 있는데 의문이 드는 겁니다. “과연 내가 이렇게 하는 것이 맞는 건가?” 라는게 말이죠.. 자회사 소속이라고 해봤자 4명밖에 되지 않고 일은 A라는 회사에서 다같이 하는데 말이죠.. “나중에 사무실도 분리해서 성장할 거다.” 라는 막연한 소리만 하시니.. 저는 결국 일은 A라는 회사에서 하지만 경력은 B회사(자회사)로 남게 될텐데 과연 제 커리어에 맞는 선택을 한것일까요? (어차피 둘 다 중소기업인데 비슷비슷 하다고 생각하면 편할까요?) 급여나 복지는 A와 똑같지만 혹여나 후에 퇴직금 관련이라던지 어떻게 될지 몰라 생각이 조금 깊어집니다. 선배님들은 어떻게 생각하시는지 조언을 여쭙고자 합니다.