연구활동비 비과세에 대하여..

안녕하세요, 저희 회사는 기업부설연구소 근무중인 연구요원들에게 연구수당 비과세를 해오고 있고 기존에는 근로계약서에 해당 비과세액을 별도 항목으로 명시를 했었는데요, 요즘 해당 비과세를 받는 인원이 변동이 잦다보니 '이걸 꼭 계약서에 명시해야 하나?'라는 고민이 되고 있습니다. 그냥 따로 안적고 해당인원에 들어가게 되면(부설연구소에 전산등록이 되면) 비과세를 그냥 해준다던가,  아니면 계약서에 '기업부설연구소 연구 전담요원의 경우 연구보조 수당에 대하여 비과세한다'는 단서조항만 따로 달아서 변동이 있어도 재작성없이 유동성있게 대처할 수 있는 계약서를 만든다던가 했으면 하는데,  다른 곳에서는 어떻게들 하고 계신지 여쭙니다. 감사합니다.